Kodeks Karny Wykonawczy wymienia trzy systemy w których Skazani mogą odbywać karę pozbawienia wolności: system terapeutyczny, system programowanego oddziaływania oraz system zwykły.

Należy podkreślić, iż jest to katalog zamknięty, a więc poza tymi wyraźnie wymienionymi przez Ustawodawcę nie można skierować Skazanych do innych systemów odbywania kary. Minister Sprawiedliwości może jednak w drodze rozporządzenia określić inne systemy wykonywania kary pozbawienia wolności – w tym istnieje możliwość stworzenia systemu o charakterze eksperymentalnym.

Cechą wspólną wymienionych systemów wykonania kary jest ich cel – przygotowanie skazanego do powrotu do społeczeństwa.
Tym, co je różni, są środki i metody osiągnięcia tego celu, związane ze sferami oddziaływań. 
W przypadku systemu programowanego oddziaływania i zwykłego jest to sfera osobowości skazanego, w systemie terapeutycznym – jego sytuacja zdrowotna.

Trafny wybór systemu wykonywania kary a także rodzaju i typu Zakładu Karnego poprzez indywidualizację systemu oddziaływań na skazanych ma ogromne znaczenie dla powodzenia procesu resocjalizacji.

Zdaje się, że skutecznie można oddziaływać na dorosłego człowieka, tylko w taki sposób i z użyciem takich środków, na które on sam wyrazi zgodę, zaakceptuje je i jako podmiot tych oddziaływań nawiąże współpracę z wychowawcami, nauczycielami czy terapeutami.

Tak więc wszelkie oddziaływania resocjalizacyjne prowadzone wobec skazanego powinny stać się jego uprawnieniem lub ofertą ze strony organu wykonującego karę, z której może on skorzystać, ale także którą ma prawo odrzucić.

System terapeutyczny przeznaczony jest dla skazanych, którzy wymagają specjalistycznej opieki  psychologicznej, lekarskiej lub rehabilitacyjnej podczas wykonywania kary pozbawienia wolności.

Uznawany jest za najbardziej wyspecjalizowany i wykraczający poza rutynowe oddziaływania więzienne sposób postępowania z osobami odbywającymi karę pozbawienia wolności, a jego podstawowym celem jest zapobieganie pogłębianiu się patologicznych cech osobowości, przywracanie równowagi psychicznej oraz kształtowanie zdolności współżycia społecznego i przygotowania do samodzielnego życia Skazanych po odbyciu kary.

Decyzja o skierowaniu skazanego do systemu terapeutycznego  jest o tyle ważna, że zazwyczaj daje początek leczeniu, terapii lub rehabilitacji zainteresowanego.
W założeniu – karę pozbawienia wolności w systemie terapeutycznym wykonuje się przede wszystkim w oddziale terapeutycznym o określonej specjalizacji. W praktyce, skazani odbywają karę w tym systemie w każdym Zakładzie Karnym, niezależnie od jego rodzaju i typu, w którym istnieją odpowiednie ku temu warunki wyposażeniowe, organizacyjne, a także zatrudniona jest specjalistyczna kadra (psychiatrzy, psychologowie, seksuolodzy).

Odbywanie kary w tym systemie wiąże się najczęściej z koniecznością czasowego przeniesienia (a w niektórych przypadkach nawet ze stałym pobytem) do innego Zakładu Karnego niż ten położony najbliżej miejsca stałego pobytu skazanego.
Nie jest również tajemnicą, iż od lat, liczba skazanych objętych tym systemem odbywania kary w stosunku do realnych potrzeb jest niewspółmiernie mała – głównie z uwagi na jego poważne koszty i trudności w organizacji odpowiednich oddziałów terapeutycznych, a w praktyce penitencjarnej terapeutyczny system odbywania kary pozbawienia wolności ma znaczenie marginalne.

Skazani, którzy są obligatoryjnie kierowani do systemu terapeutycznego obligatoryjnie:

• Skazani z niepsychotycznymi zaburzeniami psychicznymi (osoba chora psychicznie, upośledzona umysłowo, jak i wykazująca inne zakłócenia czynności psychicznych),
• Skazani za przestępstwa określone w art. 197–203 KK popełnione w związku z zaburzeniami preferencji seksualnych,
• Skazani upośledzeni umysłowo i niepełnosprawni fizycznie  (którzy wymagają oddziaływań specjalistycznych tj. wykazują poważne trudności z przystosowaniem się do wymagań związanych z wykonywaniem kary pozbawienia wolności),
• Skazani uzależnieni.

Konieczność leczenia, a także realizowanie celu wychowawczego wykonywania kary pozbawienia wolności może przemawiać za skierowaniem do systemu terapeutycznego skazanego, który wykazuje inne schorzenia niż te, które wynikają z art. 96 § 1 KKW – w takim przypadku dla skierowania do systemu terapeutycznego niezbędna jest jego zgoda.
System wykonywania kary pozbawienia wolności w systemie terapeutycznym może określić Sąd w wyroku skazującym. Zmiana nieprawomocnego orzeczenia w tym zakresie możliwa jest tylko w wyniku apelacji.

Po uprawomocnieniu się wyroku, zmianę określonego w wyroku rodzaju i typu zakładu karnego, a także orzeczonego systemu terapeutycznego wykonywania może orzec tylko Sąd Penitencjarny.

Jeśli system terapeutyczny wykonywania kary pozbawienia wolności nie został określony w wyroku, a zachodzą nowe okoliczności uzasadniające zmianę systemu terapeutycznego wówczas decyzję w tym zakresie podejmuje Komisja Penitencjarna – organ kolegialny powoływanym przez Dyrektora Zakładu Karnego.
Wskazania wymaga, iż terapeutyczny system odbywania kary jest często systemem przejściowym, bowiem wraz z ustąpieniem przyczyn, dla których skazany został do niego skierowany, zostaje on przeniesiony do innego właściwego systemu, tj. zwykłego lub programowanego oddziaływania.

Charakter znacznej części zaburzeń, które są podstawą skierowania skazanych do tego systemu terapeutycznego, sprawia, iż Ustawodawca stwarza dodatkowe bariery na drodze ich kontaktów ze społeczeństwem i odzyskaniem wolności – przykładowo – odbywanie przez skazanego kary pozbawienia wolności w systemie terapeutycznym jest jedną z przesłanek umieszczenia skazanego po odbyciu przez niego kary pozbawienia wolności lub kary 25 lat pozbawienia wolności w Krajowym Ośrodku Zapobieganiu Zachowaniom Dyssocjalnym w Gostyninie na podstawie tzw. ustawy o bestiach.